دفتر حفاظت و احیاء تالابها یک مجموعه تخصصی است که سیاستگذاری و برنامه ریزی برای ایفای مسئولیت های سازمان درحوضه تالابها و پشتیبانی فنی و کارشناسی واحد های استانی و نظارت بر عملکرد آنها و همچنین هماهنگی و نظارت بر عملکرد سایر دستگاههای مسئول در حوزه تالابها را به عهده دارد. شرح وظایف این دفتر بشرح زیر است :

- پیشنهاد سیاستهای کلان و پیگیری برای تحقق سیاستهای مصوب سازمان در حوزه آب و تالاب،

- تهیه برنامه های ارزیابی و پایش تالابها و نظارت بر اجرای انها،

- ایجاد پایگاه ملی داده های تالابی و سامانه پایش انلاین تالابها،

- شناسایی مسائل و تهدیدهای تالابها و تهیه گزارشهای ادواری از وضعیت تالابها،

- تهیه برنامه های احیاء تالابها و نظارت بر اجرای آنها در استانها،

- نظارت بر ارزیابی ریسک پروژه های بزرگ تاثیر گذار بر تالابها، 

- تعیین نیاز آبی زیست محیطی تالابها و رودخانه ها و تهیه دستورالعملها و راهنماهای لازم برای نظارت بر اجرای تعهدات وزارت نیرو در تامین حقابه تالابها و رودخانه ها،

- ارائه راهکارهای فنی برای رفع موانع حقوقی و اجرایی تامین آب تالابها و رودخانه ها در سطح ملی،

- نظارت فنی بر تعیین حد بستر و حریم تالابها،

- بررسی های هیدرولوژیکی و هیدروژئولوژیکی تالابها،  اندازه گیری حجم، کیفیت و زمانبندی آب ورودی به تالابها و نوسانات تراز آب تالابها،

- تهیه دستورالعمل نحوه تعیین حریم اکولوژیک تالابها،

- تهیه دستورالعملهای مقابله با گونه های غیربومی و مهاجم،

- طبقه بندی و ناحیه بندی تالابها و نظارت بر اجرای آن،

- بررسی های اقلیمی تالابها و ارائه برنامه های سازگاری با پیامدهای آن و بررسی تاریخی دوره های ترسالی و خشکسالی تالابها،

- شناخت فون و فلور تالاب و شناخت زنجیره های غذایی و شبکه های غذایی تالاب؛ تعیین میزان برداشت مجاز از جمعیت گونه های مختلف گیاهی و جانوری تالاب،

- توانمندسازی کارشناسان استانی و سایر ذینفعان برای تدوین و اجرای برنامه مدیریت زیست بومی تالاب و نظارت بر تدوین و اجرای این برنامه ها، انجام وظایف دبیرخانه ستاد ملی سیاستگذاری و هماهنگی مدیریت تالابهای کشور، نظارت بر راه اندازی و عملکرد دبیرخانه های استانی، توانمندسازی سمنهای تالابی برای مشارکت در تهیه و اجرای برنامه مدیریت زیست بومی تالابها،

- تعیین ضوابط بهره برداری خردمندانه از تالابها با تاکید بر اکوتوریسم،

- تعیین کاربریهای مجاز و غیر مجاز در بستر و حریم تالابها و ضوابط استقرار کاربریهای مجاز،

- ترویج رویکرد اقتصاد سبز در حوضه های تالابی و تهیه طرح های مرتبط با پرداختهای اکوسیستمی،

- نظارت بر تدوین و اجرای برنامه های ارتباطات، آموزش، اطلاع رسانی و مشارکت در تالابها  (CEPA)، جلب مشارکت جوامع بهره بردار برای احیاء تالابها،

- انجام مطالعات و اقدامات لازم برای اجرایی کردن تعهدات کشور به کنوانسیون رامسر؛

- تهیه و تدوین دستورالعملها و راهنماهای مرتبط با تالابها و رودخانه ها؛